あると思います。例えば、建物を建てるのに土地に造成が必要でお金がかかる、上下水道が来ていないため引込みが必要である、堀車庫である、前面道路が狭い、敷地内もしくは道路と敷地の間に高低差がある、過去に事件があった、などなど・・・。土地には必ず適正な価格が設定されており、相場より安い場合は上にあげたような理由があるのではないでしょうか？調べてみる必要があります。